W latach 20. XX wieku kaplica w Bujakowie została poddana remontowi, obejmującemu m. in. budowę wieży. W tym czasie Bujaków pozostawał filią parafii w Kozach, co oznaczało, że formalną zwierzchność nad miejscową wspólnotą sprawował proboszcz koziański. Jednocześnie mieszkańcy dążyli do większej samodzielności religijnej, a docelowo nawet do utworzenia własnej parafii. W związku z prowadzonymi pracami remontowymi ogłoszono zbiórkę funduszy także wśród parafian z Kóz. Z perspektywy ówczesnego proboszcza ks. Franciszka Żaka (1922-1937), składka z pewnością wynikała z obowiązku całej parafii wobec jej części. Inicjatywa ta spotkała się jednak z niechęcią mieszkańców Bujakowa, którzy odebrali ją jako próbę ingerencji w ich sprawy oraz ograniczenia dążeń do większej samodzielności. Tym bardziej, że od wielu lat kaplica w Bujakowie li tylko ze składek dobrowolnych gminy bujakowskiej utrzymanie bierze [1] W geście podkreślającym własną odrębność odmówili przyjęcia zebranych środków.
Ten epizod pokazuje jak silne było ówczesne poczucie lokalnej odrębności Bujakowa, mimo formalnej zależności od koziańskiej parafii. Spór pomiędzy obiema społecznościami przybrał na sile do tego stopnia, że wymagał rozstrzygnięcia przez kurię biskupią w Krakowie, która była właściwa do rozpatrywania tego typu konfliktów na tle administracji parafialnej i finansowania inwestycji kościelnych [2].
Ostatecznie nowa parafia bujakowskiej wspólnoty erygowana została w 1961 r. Po wybudowaniu kościoła w 1974 r. kaplicę rozebrano.
Fotografia w: Ryszard Kojder, Mała Ojczyzna Bujaków. Monografia XV-XX wiek, Bujaków 2012, s. 131
[1] słowa konsystorza krakowskiego z 1886 r.; cyt. za Ryszard Kojder, Mała Ojczyzna Bujaków. Monografia XV-XX wiek, Bujaków 2012, s. 132
[2] Z dziejów parafii świętych Szymona i Judy Tadeusza w Kozach, Kraków 1998, s. 75